NCBI []
NCBI (National Center for Biotechnology Information）是指称美国国立生质技术信息之中心
EMBL []
欧洲病毒学科学LaboratoryEMBL（The European Molecular Biology Laboratory）
DDBJ []
DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世上三大DNA 数据源之一，与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据源共同一组国际DNA数据源
CNGB []
之东亚国内数据源（China National GeneBank）座落深圳大鹏从新区，是继世上三大数据源之后的世界第四大国内级数据源。它是之东亚首个，也是唯一一个国内种群，相对世界另外三个种群而言，国内种群样品保存的现有、存储量和可会见的数据量亦非是世界最大。
BIGD []
之东亚国内等位特因科学数据之中心 精神上与心理健康大数据之中心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)
2、非解码RNA数据源（1）.非解码小RNA数据源miRBase []
piRNAbank []
piRNAbank []
SILVA []
（2）.长非解码RNA数据源：LncRNAdb []
真核生质
LncRNAwiki [_Page]
人类所长非解码RNA数据源
（3）.非解码RNA家族数据源Rfam[]
类似于Pfam的RNA家族批注数据源
（4）.非解码RNA核酸数据源RNAcentral [ ]3、蛋白质数据源（1）.蛋白质信息Human protein atlas [ ]
人体蛋白质在蛋白质、其组织、病因前提条件下的传达
（2）.蛋白质核酸数据源Pfam []
Pfam是蛋白质家族的数据源，包括使用隐马尔可夫模型转化的批注和多核酸辨识。
SwissProt []
手动批注的非冗余蛋白质核酸数据源
UniProt [ ]
PIR []
Antibodies []
BRENDA [ ]
HPRD []
InterPro []
通过整合多个蛋白质无关数据源，备有了一个方便的对蛋白质核酸进行机制批注的游戏平台，包括对蛋白质家族、本体域、机制等位特因座的计算
iProClass []
PRF []
REBASE []
（3）.蛋白质本体数据源PDB []
通过科学实验精确测量的本体
SCOP []
CATH []
PSI []
（4）.蛋白质组数据源PRIDE []（5）.蛋白质机制域数据源PROSITE []
最年初
Pfam []
最专业
ProDom []
CCD []
Prints []
SMART [ ]
TIGRFAM []
（6）.蛋白质互作数据源STRING []
DIP []
科学实验检验的蛋白质电磁力数据源
BioGRID [] ：
IntAct [ ]
4、新陈代谢数据源MapMan：一个机制强大的新陈代谢必需查看和编辑软件
（1）.新陈代谢必需数据源KEGG []
GO []
NCBI BioSystems []
IMP []
plantCyc []
MANET [ ]
MetaNetX [ ]
（2）.新陈代谢组学经常用数据源MataboLights []
HMDB []
YMDB []
ECMDB []
（3）.遗传基因数据源Planteome []
dbGaP []
IPPN []
5、核酸辨识（1）.核酸与数据源辨识Blast []（2）.多核酸间辨识Clustal（3）.核酸进化树系统性MEGA6、等位特因系统性（1）.等位特因信息GeneCard []
Gene Wiki[_Wiki ]
（2）.等位特因批注Blast []
Interproscan []，
WEGO []
KAAS []
（3）.等位特因机制计算：FGENESH []
AUGUSTUS [ ]
GENESCAN []
GeneMark []
Glimmer []
（4）.等位特因本体计算Exon-Intron Graphic Maker []
根据候选等位特因的外显子和内含子等信息绘制等位特因本体
Blastp [_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome]
可在线获取蛋白质本体域的批注和左边信息
（5）.就是指称等位特因系统性OrthoDB是直系就是指称质的立体化目录[]（6）.亚蛋白质聚焦计算PSORT Prediction []（7）.启动子系统性Plantcare []（8）.抑制目标等位特因的miRNA计算psRNAtarget []（9）.传达系统性ArrayExpress [ ]
数据来自EMBL的高通量机制等位特因学科学实验的数据；
BAR []
在系统性等位特因机制时，上会会参阅等位特因的传达模式，即等位特因在植质多种不同其组织多种不同发育时期的传达丰度变动。通过在线系统性其网站BAR对候等位特因进行传达系统性。 是一个植质生信系统性海洋资源其网站，用该其网站系统性等位特因传达时，不仅可以得到等位特因传达模式的热图，还可以得到建模的带电粒子荧光图片，抽象显现出等位特因在植质其组织之中的传达左边。
（10）.等位特因本体绘制GSDS []
Gene Structure Display Server，特于等位特因批注档案绘制核酸等位特因本体等机制
7、蛋白质系统性（1）.蛋白质二级三级本体计算及绘图CFSSP []SOPMA [_automat.pl?page=npsa_sopma.html]PredictProtein []SWISS-MODEL []（2）.蛋白质特点系统性ProtParam []
蛋白质特点系统性是指称蛋白质的一些质理和工程学表达式，如相对分子质量、等电点、核酸和原子一组、消光倍数、同位素、不稳定倍数、脂肪族核酸指称数、亲水浅。这些表达式，有助于进行蛋白质的无关有机体科学实验。比如在体外体系（大肠杆菌、细菌等）传达和纯化目标蛋白质时，需要考虑蛋白质的相对分子质量、等电点、消光倍数、不稳定倍数和亲水浅等。在蛋白质活科学实验之中，也需要根据这些表达式优化科学实验体系。
（3）.蛋白质亲疏水浅系统性Protscale []
蛋白质核酸的亲疏水浅主要由其侧外侧特团R，如果R只是H或是C、H两元素一组的话，都是疏水的，如果成分官能团侧外侧特团，如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等，则就是官能团的（亲水的）。疏水浅核酸有酪氨酸、色氨酸、赖氨酸、天冬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、酰和羧酸（谷氨酸）。疏水浅核酸在蛋白质内部，在依然蛋白质的三级本体上，蛋白质和特质、抗体和抗体间的电磁力等各种非配体的分子联结不足之处，具有不可忽视起着。
（4）.地区性细胞膜本体系统性TMHMM []
蛋白质的地区性细胞膜本体系统性对于计算蛋白质的亚蛋白质聚焦密切无关。如果具有地区性细胞膜本体，蛋白质很也许聚焦于蛋白质之中与细胞膜无关的本体，如蛋白质质细胞膜、叶绿体细胞膜或线粒体细胞膜等内细胞膜系统。此外，蛋白质地区性细胞膜本体系统性对于蛋白质机制系统性也有一定的帮助。比如某蛋白质没有地区性细胞膜本体，但是亚蛋白质聚焦科学实验显示其可聚焦于细胞膜无关本体，这说明该蛋白质也许通过其他细胞膜聚焦蛋白质招募过去的。
（5）.瞬时肽系统性SignalP []
峰瞬时左边为瞬时肽切割点，峰之前的核酸为瞬时肽
瞬时肽是指称为了让从新合成的蛋白质向新陈新陈代谢通路转到的短肽外侧，经常座落蛋白质的N-外侧，主要职责把蛋白质为了让到多种不同细胞膜本体的亚蛋白质器内。解码新陈新陈代谢蛋白质的mRNA在翻译时首先合成N外侧的瞬时肽，它被瞬时肽识别蛋白质(SRP)所识别，SRP将核糖体载运至溶蛋白质体上，溶蛋白质体细胞膜上的 SPR 抗体识别并与之联结。从新合成蛋白质在瞬时肽为了让下到达溶蛋白质体内腔，而瞬时肽则在瞬时赖氨酸的起着下被切除。由于它的为了让，从大一的多肽就都能通过溶蛋白质体细胞膜转入腔内，最终被新陈新陈代谢到胞外。在宿主菌之中传达外源蛋白质时，可用瞬时肽为了让外源蛋白质聚焦新陈新陈代谢到胞外，提高蛋白质可溶性，在原核传达系统（大肠杆菌、细菌杆菌等）和真核传达系统（如毕赤细菌）之中均有应用。
（6）.激蛋白质等位特因座系统性NetPhos []
KinasePhos-2.0 []
蛋白质激蛋白质指称由蛋白质激蛋白质催化的把 ATP 的乙酸特转到到底质蛋白质核酸碱特（赖氨酸、N-、酪氨酸）上的过程，或者在瞬时起着下联结 GTP（上会以 GTP 取代 GDP），是生质体内一种普通的调节方法，在蛋白质瞬时转导的过程之中起不可忽视起着。在瞬时达到时通过得到一个或几个乙酸集团而被激活，而在瞬时减弱并能去除这些集团，从而耗尽活性。有时某个瞬时蛋白质激蛋白质上会造成下游的蛋白质分列牵涉到激蛋白质，形成激蛋白质级联反应。
二、生质信息学软件及下载外侧接：
Clustal:
MEGA:
MAFFT:
Sequence Matrix:
PGDSpider:
DnaSP v6:
Arlequin:
MapMan：
PartitionFinder:
jModelTest:
IQ-TREE:
IQ-TREE在线:
RaxmlGUI:
Mrbayes 3.2.7:
PhyloSuite:
BEAST:
Figtree:
Tracer:
PopART:
Network:
Structure:
CLUMMP:
Distruct:
Migrate-N:
Phylonet: 或
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